Școala de studii universitare doctorale în domeniul ecologie este organizată în cadrul Departamentului de Ecologie Sistemică și Sustenabilitate (DESS), deținătorul, din anul 1992, al catedrei Unesco – Cousteau de Ecotehnie, co-fondator al rețelei cadrelor UNESCO – Cousteau la nivel european și global, promotor atât al programului MAB – UNESCO de educație și formare a resursei umane în Ecotehnie, cât și în proiectarea și dezvoltarea rețelei naționale pentru cercetări ecologice de lungă durată (NLTER) și în integrarea acesteia în rețelele similare de la nivel european (ELTER/Aprilie/2004) și global (ILTER/Septembrie/2003).

Modelul conceptual al școlii doctorale este fundamentat și structurat pe principiile ecologiei sistemice (ex. organizarea spațio-temporală; nelinearitate; integralitate/holism) și abordării inter- și transdisciplinare a complexității naturii/mediului și sistemelor socio-economice, orientate asupra problemelor sustenabilității și globalizării, conservării biodiversității, utilizării durabile a resurselor și managementului ecosistemic  și adaptativ al dezvoltării, în condițiile modificărilor climatice.

Subdomeniile de cercetare acoperite de cei șase conducători de doctorat sunt i) dinamica structurii, rolului și funcțiilor populațiilor/speciilor în cadrul ecosistemelor; ii) compoziția, structura, procesele și funcțiile ecosistemelor și complexelor de ecosisteme; iii) sisteme socio-ecologice; iv) identificarea, cartarea și evaluarea serviciilor ecosistemelor și  complexelor de ecosisteme;  v) indicatori și indici pentru monitorizarea și evaluarea integrității componentelor CN și  sustenabilității SSE; vi) ecologie microbiană.

Programul individual de cercetare al doctoranzilor cuprinde  cinci semestre de activități de cercetare intensivă în teren și laborator desfășurată pe un interval de minimum doi ani, analiză și sinteză a literaturii de specialitate și redactarea/publicarea a minimum două lucrări științifice și a tezei de doctorat. Programele de cercetare doctorală sunt susținute infrastructura și resursele Centrului de Cercetare în Ecologie Sistemică şi Sustenabilitate (CCESS), prin bazele de cercetare localizate în Bucureşti (Platforma de Cercetare în Biologie și Ecologie Sistemică și sediul central), Brăila şi Sinaia, organizate pe module de laboratoare, destinate investigării circuitelor biogeochimice ale elementelor, diversităţii biologice,  monitorizării în teren și  modulul GIS.